بعد مرور ثلاثة أشهر على توليه الحكم، تبين عدم كفايته، فاجتمع المجلس من جديد، وقرر عزله، وإعادته للقصر
-ولد عام (1001هـ)، وهو أول سلطان يعقب أخاه في الحكم، حيث كانت العادة أن يكون وريث العرش هو الابن الأكبر للخليفة العثماني، لكن موت السلطان أحمد الأول ترك الدولة العثمانية في أزمة، فابنه الأكبر الأمير عثمان كان في الثالثة عشرة من عمره، وثد اجتمع كبار رجال الدولة، وفي مقدمتهم شيخ الإسلام، ورأوا أن ولاية الطفل الصغير قد تحدث بلبلة وقد تؤثر على مواقف الدولة مع أعدائها، خاصة أن الجبهة الإيرانية لم تحسم بعد لانقطاع الشاه عباس الأول عن الضريبة التي اتفق عليها. فوصل المجتمعون إلى قرار يقضي بتولية أخي السلطان، وهو الأمير مصطفى بن محمد الثالث الحكم.
-تشير المصادر التاريخية إلى أن مصطفى الأول كان يعاني من اختلال عقلي، وبعد مرور ثلاثة أشهر على توليه الحكم، تبين عدم كفايته، فاجتمع المجلس من جديد، وقرر عزله، وإعادته للقصر، مع تولية الأمير عثمان الابن الأكبر للسلطان الراحل أحمد الأول للحكم.
-ثار الإنكشارية على السلطان الجديد عثمان الثاني فقتلوه، وأعادوا مصطفى الأول إلى الحكم، بسبب محاولته تطبيق إصلاحات جدية في الدولة والجيش، ففكر في إنشاء قوات جديدة مدربة ومجهزة تجهيزاً جيداً من أبناء الأتراك والتركمان في الأناضول ليستبدل بهم قوات القابوقولو (الحاميات المركزية في الجيش العثماني) وبضمنهم الانكشارية. وسعى إلى نقل عاصمته إلى بورصة إلى حين الانتهاء من تدريب القوات الجديدة ليعود بهم إلى إسطنبول ليقضي على الانكشارية. ورغم أن قراراته كانت سرية إلا أن الانكشارية فطنوا إلى الموضوع.
-أعاد الانكشارية السلطان مصطفى إلى السلطة من جديد، لكن كانت والدته حليمة سلطان المدبر الحقيقي للأمور في الدولة. تسببت هذه الأحداث باضطرابات عديدة داخل الدولة، فتمرد أباظة محمد باشا وسيطر على الأناضول، كما حدثت فتنة داخل إسطنبول بين السباهية والإنكشارية نتج عنها عشرات القتلى في الجانبين. وامتدت الفوضى إلى العراق وسرعان ما تمكن الشاه عباس من السيطرة على بغداد. واستمرت الفوضى داخل الدولة عشر سنوات حتى تمكن أخيه السلطان مراد الرابع من القضاء على الفتنة ووأد الثائرين ومن ثم تمكن من استعادة بغداد.
-بقي السلطان مصطفى في الحكم 16 شهرا، وكان يسير في ردهات القصر ينادي ابن أخيه المقتول عثمان ويندبه، ولم يكن العلماء راضين على بقائه خصوصاً وأن والدته عالمة سلطان كانت هي التي تدير البلاد من وراء الستار ، بالإضافة لقيام كوسم سلطان والدة ولى العهد مراد الرابع بتحريض الباشوات على عزله وتولية ابنها، تم عزل السلطان مصطفى بعد وعد لأمه بإبقائه حياً، حيث أقيم بجناح مخصص له في قصر طوب كابي حتى وفاته سنة 1639 م.